分子模拟实验课程建设的探索与实践

张恒,马莹,刘刚,张冬菊,宋其圣,苑世领

Exploration and Practice on Construction of Molecular Simulation Experiment Course

Heng ZHANG,Ying MA,Gang LIU,Dongju ZHANG,Qisheng SONG,Shiling YUAN

表2 实验部分内容

实验项目 具体内容 1.分子模型的创建与优化 分子模型的绘制、分子构型优化、复杂分子结构的创建 2.分子轨道的计算和分析 分子轨道等值面图、总电子密度图、静电势图、电荷分布图、分子表面 3.势能面计算 键的断裂、分子间的弱相互作用、分子构象搜索、化学反应势能面扫描、对比氢键和卤键势能面 4.化学反应模拟 计算化学反应的自由能、优化搜索过渡态 5.分子光谱计算 红外和拉曼光谱、紫外-可见光谱、X射线衍射光谱 6.分子动力学模拟 乙醇水溶液体系的模拟 7. Monte Carlo模拟 表面吸附行为：吸附等温线、吸附构型、吸附动力学 8.聚集行为的介观模拟 表面活性剂在溶液中的聚集行为、嵌段共聚物的相行为 9.粗粒化模拟 生物膜的搭建及粗粒化