| 1. 绪论 | 分子模拟基本概念、发展史、软件和资源、学习方法 |
| 2. 统计力学基础 | 统计力学基本原理、粒子动力学 |
| 3. 力场 | 势函数、简正模式、简单体系的分子力场、势能函数的具体形式、常见的力场、联合原子和约化处理、粗粒力场、多体势、水分子力场、无机材料力场、极化力场、反应力场、力场的选择 |
| 4. 能量最小化 | 势能面、势函数的极小值、非导数求极值法、导数求极值法、一级导数求极值法、二级导数求极值法、方法的选择和收敛性判据、过渡态结构与反应路径、溶剂化效应、应用实例 |
| 5. 模拟中的基本原理 | 短程相互作用的处理、长程相互作用的处理、模拟过程 |
| 6. Monte Carlo模拟 | Monte Carlo模拟中的配分函数、Monte Carlo原理、基本Monte Carlo模拟、不同系综中的Monte Carlo模拟、应用实例 |
| 7. 分子动力学模拟 | 积分运动等式、Verlet预测方法、Gear预测校正方法、分子体系中的积分方法、不同系综中的分子动力学、相关函数、自由能、均力势、性质计算、应用实例 |
| 8. 介观模拟 | 耗散粒子动力学模拟、介观动力学模拟 |
| 9. 定量结构性质关系 | 定量构效关系、典型结构参数、数学方法、应用实例 |
| 10. 量子化学方法 | Schrödinger方程、电子相关和后HF方法、密度泛函理论、基函数的选择、半经验分子轨道方法 |