《分子模拟》教材建设的探索与实践

张恒, 贾春江, 宋其圣, 苑世领

Exploration and Practice of Textbook Construction of Molecular Simulation

Heng Zhang, Chunjiang Jia, Qisheng Song, Shiling Yuan

表4 《分子模拟(第二版)》实践篇主要内容

实验项目 具体内容 1. 分子模型的创建与优化 分子模型的绘制、分子构型优化、复杂分子结构的创建 2. 分子性质的计算和分析 分子轨道、总电子密度、静电势、电荷分布、分子表面 3. 势能面的构建 键解离势能曲线、分子间的弱相互作用势能曲线[18, 19]、分子的构象搜索、化学反应的势能面 4. 化学反应模拟 计算化学反应的自由能、优化搜索过渡态 5. 分子光谱计算 红外和拉曼光谱、紫外可见光谱、X射线衍射光谱 6. 均相体系的分子动力学模拟[20] 单分子及团簇的模拟-丙氨酸二肽、均相体系-水 7. 多相体系的分子动力学模拟 气液界面、固液界面、固气界面 8. Monte Carlo模拟[21] 表面吸附行为：吸附等温线、吸附构型、吸附动力学 9. 粗粒化和介观模拟 生物膜的粗粒化模拟、表面活性剂的DPD (耗散粒子动力学)模拟、嵌段聚合物的介观模拟 10. 定量构效关系计算 缓蚀剂性质的预测 11. 复杂体系的分子动力学模拟 构型熵的计算、自由能的计算、外场下的分子动力学 12. 反应分子动力学 二氧化硅表面化学吸附的模拟