结构化学课程中波函数3D图的VRML实现
VRML Presentation of 3D Wave Functions in Structural Chemistry
Received: 2018-12-4
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介绍了如何应用三维(3D)函数绘制软件和分子模拟软件制作波函数VRML3D图的过程。利用VRML的交互性可以帮助学生更直观地了解状态函数的性质,提高他们对量子力学的理解,提高结构化学课程中电子结构部分的教学效果。
关键词:
Using three-dimensional (3D) graphing and molecular modeling softwares, the procedures for presenting the VRML 3D wave functions have been discussed. The interactivities of VRML can help students to observe the characters of wave functions intuitively, which also improve the teaching results of quantum chemistry and electronic structures effectively.
Keywords:
本文引用格式
孙宏伟, 陈兰.
SUN Hongwei.
根据量子力学基本假设,微观体系的运动状态可以用波函数来描述,波函数决定着微观体系全部可观测的性质。在结构化学教学中,波函数的性质既是教学的一个重点,也是教学的难点。波函数图形可以方便直观地展示波函数性质,进而帮助学生理解微观粒子运动规律,在结构化学教学中是不可缺少的[1]。
在结构化学教学中,涉及了一些波函数的3D图,如原子轨道、分子轨道、二维势箱、三维势箱等,绘制这些波函数的3D图有多种方法,如应用数据绘图软件Origin、MATLAB、三维构建软件3Dmax、POVRAY和分子模拟软件GaussView等,这些软件绘制图形的共同缺点是只能生成静态的3D图,即使在绘图中找到最合适的观测角度,仅凭静态图形也难以展示波函数完整的3D结构特点。这些软件虽然可以在绘制3D图时调整观察角度,但软件操作复杂,难以实现在课堂演示或让学生在课下自己观察。
VRML (虚拟现实)技术可以方便地采用交互方式展现各种角度的函数3D图、便于网络传输、支持交互和多种平台(除PC外,目前已支持Apple iOS和Android系统)等优点。本文将介绍采用共享程序,通过简单流程生成VRML格式波函数3D图的方法。
1 波函数网格图的绘制——SurfX3D
SurfX3D (Surface Explorer 3D) [2]是C. Dailey个人编制的、绘制函数3D表面图的共享软件,它可以支持VRML、POV、DXF等格式的输出,并可以通过函数控制3D图表面的颜色,其所绘制的函数可支持以下三种形式:
1) Parametric x, y, z (u, v)
2) Explicit z= f (x, y)
3) Implicit f (x, y, z) = 0
以二、三维势箱的网格图和轮廓图来说明生成VRML格式波函数3D图的方法如下:
二维势箱波函数
R(x, y, z) = 50*(abs(z)+z)/(abs(z))+(50-abs(z)*61.3)*(abs(z)-z)/abs(z)
G(x, y, z) = 100-abs(z)*122.47
B(x, y, z) = 50*(abs(z)-z)/(abs(z))+(50-abs(z)*61.3)*(abs(z)+z)/abs(z)
为方便日后修改,绘制时的各种参数可保存为X3D格式的文件,只要使用SurfX3D打开就可以直接得到前面画好的函数3D图。绘制完成后可输出为VRML格式,就可以初步得到
图1
为保证观看效果,确保视角合适,旋转方便,可在输出的VRML文件头部增加导航节点、视点节点如下:
Viewpoint { position 1.2 1.5 40.000 fieldOfView 0.10}
NavigationInfo { type ["EXAMINE""ANY"] }
图2
图2
SurfX3D绘制的波函数图
(a)二维势箱ψ21;(b) H2+电子云分布差值
2 三维方箱轮廓图——SurfX3D
三维方箱VRML格式轮廓图同样可以用SurfX3D产生,以ψ222(nx = 2,ny = 2,nz = 2)为例,波函数
F(x, y, z) = (0.5/2^0.5*sin(2*pi*x)*sin(2*pi*y)*sin(2*pi*z)-0.02)
可绘制出ψ222=0.02的轮廓图,因波函数的值为正,线的颜色可设置为红色,不显示表面颜色,可输出ψ222位相为正的部分,输出为VRML格式;更改函数为:
F(x, y, z) = (0.5/2^0.5*sin(2*pi*x)*sin(2*pi*y)*sin(2*pi*z)+0.02)
可绘制出ψ222=-0.02的轮廓图,因波函数的值为负,线的颜色设置为蓝色,输出为VRML格式;将两个VRML文件合并,修饰增加坐标轴,即可以得到三维势箱ψ222的VRML轮廓图(图2c)。这种方法也可以用来绘制原子轨道的轮廓图,但由于原子轨道函数复杂,绘制不便,建议采用下节的方法
3 原子轨道轮廓图——Orbital Viewer
图3
用文本编辑软件将输出的VRML 1.0的文件中的部分语句更改为VRML 2.0格式:
添加坐标轴和导航节点、视点节点,即可得到原子轨道VRML轮廓图(图3b)。
4 分子轨道轮廓图——Molden
Orbital Viewer也可以绘制分子轨道的轮廓图,但随原子数增加,绘制时坐标选取和轨道系数输入比较复杂,对分子轨道,可采用量子化学计算+分子模拟软件显示生成的流程制作VRML分子轨道轮廓图。其中输出VRML的分子模拟软件采用共享软件Molden,Molden基于X-Win,可以显示Gaussian,GAMESS等量子化学计算的结果[5]。
制作分子轨道VRML轮廓图具体流程如下:
1)用HyperChem构建分子结构,保存为MOL格式(MDL MOL);
2)用GaussView软件打开,结构数据保存为GJF格式;
3)编辑GJF文件,选择保存CHK文件(如%chk = butadiene.chk),采用半经验量子化学AM1方法优化(#AM1 OPT),保存GJF文件后用Gauss09W计算;
4) GaussView打开CHK文件,Results-Surfaces/Contours,Cube Actions选择New Cube,选择相应的分子轨道(如HOMO、LUMO或某个确定的分子轨道)确认,软件计算相应的Cube数据,选择计算产生的Cube数据,Cube Actions选择Save Cube,保存为Cube文件(也可以直接在GJF文件中加输出Cube文件的关键词);
5)打开Molden (X-Win环境下,需要预先安装X-win)软件,选择Dens. Mode;
6)选择Rd/Wr Cube,依次选择“Read”“Gaussian”;
7)输入Cube文件名(包括盘符和目录,要按照Linux格式,如:“I:/butadiene_mo11.cub”);
8)选择Apply,Molden窗口将出现该分子轨道图,如生成的分子轨道Contour值太大(分子轨道显得太瘦)可减小Contour值(如将默认的0.1改为0.05),Molden主窗口将显示该分子轨道的图形,点击输出VRML按钮,选择VRML 2.0,在[VR file]对话框内输入VRML名称和路径,点Apply,将在指定目录生成该分子轨道的VRML文件,显示效果见图4。
图4
Molden生成的分子轨道VRML文件可无须修饰直接用于教学,在展示分子轨道时,鼠标单击轨道的界面可以将分子轨道调整为透明。
参考文献
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