大学化学, 2019, 34(12): 45-53 doi: 10.3866/PKU.DXHX201909006

专题

天然产物生物合成:探索大自然合成次生代谢产物的奥秘

高磊, 于欣水, 雷晓光,

Biosynthesis of Natural Products: Exploring the Secret of How Nature Produces the Secondary Metabolites

GAO Lei, YU Xinshui, LEI Xiaoguang,

通讯作者: 雷晓光, Email: xglei@pku.edu.cn

收稿日期: 2019-09-2   接受日期: 2019-09-16  

基金资助: 国家自然科学基金.  21625201
国家自然科学基金.  21661140001
国家自然科学基金.  91853202
国家自然科学基金.  21521003

Received: 2019-09-2   Accepted: 2019-09-16  

Fund supported: 国家自然科学基金.  21625201
国家自然科学基金.  21661140001
国家自然科学基金.  91853202
国家自然科学基金.  21521003

作者简介 About authors

雷晓光,合成化学家、化学生物学家1979年生于北京市2001年毕业于北京大学化学专业,2006年获得美国波士顿大学博士,2006-2008年在美国哥伦比亚大学从事博士后研究现任北京大学教授,北大-清华生命科学联合中心高级研究员他的主要学术贡献体现在功能导向有机合成、化学生物学与创新药物等研究领域他目前在CellNatureScience等高水平学术期刊上发表论文100余篇,获得了中国、美国、欧盟等多项创新药物发明专利授权,实现了两个候选药物的科研转化,并且获得了18项国内外重要学术荣誉,包括:国家杰青、万人计划,北京市卓越青年科学家等他曾荣获2017年国际四面体青年科学家奖,这是中国学者首次在生物有机与药物化学领域获得该重要国际学术奖项2019年成为IUPAC"青年化学家元素周期表"氮元素代言人 , E-mail:xglei@pku.edu.cn

摘要

天然产物(次生代谢产物)是大自然馈赠给人类的礼物,由于其复杂的骨架结构和良好的药用价值,吸引着化学家们对其进行结构鉴定以及化学合成。尽管人们在天然产物全合成中取得了巨大的成就,但仍然面临着合成路线长、产率低、缺乏选择性等问题。大自然是最伟大的化学家,它利用酶作为催化剂,往往能够高效地合成天然产物。在基因水平上探索大自然合成复杂多样的天然产物的奥秘不仅有助于人们进一步理解和认知有机化学,还为人们开发和利用大自然高效催化化学反应的工具——酶奠定了基础。

关键词: 天然产物 ; 生物碱 ; 生物合成 ;

Abstract

Natural products (the secondary metabolites) are the gifts from mother nature to human beings. Because of their complex skeletons and promising pharmaceutical values, structural identification and chemical synthesis of natural products have drawn much attention from synthetic community. Although remarkable achievements have been made in the total synthesis of natural products, there still remain significant challenges concerning long synthetic route, low yield and the lack of selectivity in chemical synthesis. Nature is the best chemist, and it uses various enzymes as catalysts to efficiently synthesize natural products. Exploring the mystery of how nature produces complex and diverse natural products at the genetic level not only provides inspiration for the further development of organic synthesis, but also lays the foundation for the vast utilization of effective enzymes to produce medicine and functional material for humans.

Keywords: Natural product ; Alkaloids ; Biosynthesis ; Enzyme

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本文引用格式

高磊, 于欣水, 雷晓光. 天然产物生物合成:探索大自然合成次生代谢产物的奥秘. 大学化学[J], 2019, 34(12): 45-53 doi:10.3866/PKU.DXHX201909006

GAO Lei. Biosynthesis of Natural Products: Exploring the Secret of How Nature Produces the Secondary Metabolites. University Chemistry[J], 2019, 34(12): 45-53 doi:10.3866/PKU.DXHX201909006

天然产物从广义上可以定义为生命体产生的任何化学物质,包括蛋白、核酸等生物大分子,但化学家们更倾向于认为天然产物是生命体在特定条件下产生的化学小分子(分子量小于1500道尔顿),这些小分子有别于广泛存在于所有生命体中的初级代谢产物,他们对于生命活动并不是至关重要的,是一些在特定的条件下产生的次级代谢小分子[1]。从1806年Friedrich Sertürner从罂粟中分离出第一个天然产物——吗啡(morphine)开始,到目前为止,超过30万个化合物已经被分离与鉴定出来。天然产物被认为是大自然馈赠给人类的礼物,是重要的药物来源,超过一半的药物小分子都来源于天然产物及其类似物[2],包括来源于微生物的青霉素(penicillin)、阿霉素(doxorubicin)和来源于植物的青蒿素(artemisinin)、吗啡(morphine)等药物分子,如图1所示。同时,天然产物可以时空可控地调节蛋白的功能,在化学遗传学上也扮演着重要角色,例如Stuart schrieber教授利用天然产物FK506和trapoxin分别发现了FK506结合蛋白(FKBP12) [3]以及组蛋白去乙酰化酶(HDAC) [4]

图1

图1   具有代表性的天然产物药物分子


天然产物在自然界中含量很低,很难通过分离大量获取,这极大地阻碍了天然产物的开发与利用。为了更加高效获取具有生物活性的天然产物,合成化学家们开发出一系列新的化学试剂以及化学反应,在这一过程中,极大地扩展了人们对有机化学的认知[5]。天然产物的分离与结构鉴定还促进了生物合成研究的发展。研究大自然如何利用酶来实现天然产物的合成——生物合成,不仅可以帮助化学家理解各种化学反应进行的酶学机制[6],启发合成化学家进行仿生合成[7],同时也为天然产物的合成生物学发展奠定良好的理论基础[8]

1 微生物来源天然产物的生物合成

目前,生物合成的研究主要集中在研究微生物次级代谢天然产物的生源合成过程中。微生物生长快速,遗传操作简单,对其基因进行体内敲除简单快捷;微生物基因组较小,为了更加高效地调控次级代谢产物的合成,这些生物合成基因往往是成簇存在的[9]。微生物的生物合成基因簇一般含有一个或多个骨架基因(backbone genes),在这些骨架基因的附近还存在包含氧化还原酶、脱氢酶,脱羧酶,甲基转移酶等修饰酶(tailoring enzymes)在内的基因。在生物合成基因簇中,骨架酶催化生物合成途径中的起始步骤,是利用一些初级代谢产物(building block)来合成天然产物的骨架结构,常见的骨架酶包含萜类天然产物生物合成基因簇中的terpene cyclase、聚酮类天然产物(polyketides)生物合成基因簇中的聚酮合酶(polyketide synthase)、非核糖体多肽类天然产物(nonribosomal peptides,NRPs)生物合成基因簇中的nonribosomal peptide synthases(NRPS),以及麦角生物碱类(ergot alkaloids)生物合成基因簇中的dimethylallyl tryptophan synthases(DMATS);骨架酶合成的天然产物前体会被基因簇中的修饰酶进行后续的化学修饰,最终产生结构复杂、种类多样的天然产物,如图2所示。

图2

图2   具有代表性的不同类型天然产物的生物合成途径


天然产物生物合成研究的发展离不开测序技术和生物信息学的发展。目前微生物来源天然产物的生物合成研究大都遵循相同的研究策略:1)通过全基因组测序获取产生目标天然产物的微生物基因组信息;2)通过基因组挖掘(genome mining),找到可能的生物合成基因簇;3)通过体内敲除或者体外表达来确定基因的功能,如图3所示。其中,最关键的步骤就是找到正确的生物合成基因簇进行后续的功能验证。随着测序技术的发展,对微生物的全基因组测序变得简单易行,把所获取的基因组信息放在一些在线或者离线的分析工具(http://www.secondarymetabolites.org)中进行生物信息学分析,可以迅速帮助我们找到其中的生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC)以及预测各个基因可能的功能[10, 11]。目前常用来预测生物合成基因簇的在线工具包括antiSMASH [12]和2ndFind。那么,我们如何在微生物众多的基因簇中找到我们想要的那个呢?在研究特定类型天然产物的生物合成时,我们只需要关注拥有特定类型骨架基因的基因簇,这样可以大大缩小可能的基因簇的范围。除了通过天然产物类型来找其生物合成基因簇外,生物合成的研究者们还可以通过比较基因组学(comparative genomics)的方法来进一步缩小候选基因簇的范围:有些天然产物仅在某一特殊物种中产生,说明该基因簇仅存在于该物种中,在找寻这类基因簇时,可以采用“存异”的方法排除掉那些与其他物种共有的基因簇[13];同时,有些天然产物在多种微生物中都能产生,这时可以采用“求同”的策略去找寻共同存在于这几个微生物中的生物合成基因簇[13, 14]。此外,还可以结合转录组分析来找寻目的生物合成基因簇。当微生物产生天然产物时,负责该天然产物合成的基因一定会被转录和表达,由此也可以帮助我们排除一些没有转录的基因簇[15]

图3

图3   研究微生物来源天然产物生物合成的一般策略与流程


在确定了产生目标天然产物的候选基因簇后,随后就可以通过体内的敲除实验或者体外蛋白的表达和活性检测对该基因簇中的基因进行功能的鉴定。除了上述两种方法外,也可以将该基因簇中的基因依次导入到其他物种(米曲霉、构巢曲霉、变铅青链霉菌、大肠杆菌等)中进行外源表达,从而鉴定基因的功能。paxilline(9)是从真菌Penicillium paxilli中分离得到的一种吲哚二萜类天然产物,其结构复杂,是高效的钾离子通道抑制剂。2001年,Barry Scott等人[16]通过限制性内切酶介导整合(restriction enzyme-mediated integration)的方法,找到了paxilline生物合成基因簇在真菌基因组中的位置,随后对该位置进行测序以及序列分析后找到了其生物合成基因簇。该基因簇中包含了GGPP synthase (paxG)、FAD依赖单加氧酶(paxM)、异戊烯基转移酶(paxC),以及两个P450氧化酶(paxPpaxQ)和未知功能的膜蛋白(paxApaxB) [17]。当paxG被敲除后,该突变菌无法再产生paxilline [16],而敲除paxPpaxQ后,突变体中分别积累了paspaline和13-desoxypaxilline [18],证明这两个P450氧化酶参与了生物合成后期的氧化过程。为了进一步阐明该基因簇中其他基因的功能,Oikawa教授课题组将该基因簇中的基因依次导入米曲霉中进行了外源表达,他们发现当向米曲霉中同时导入paxGpaxC时,米曲霉可以产生新的化合物2,再导入paxM后,可以产生新的化合物3,再导入第四个基因paxB后,能产生paspaline。由此,Oikawa课题组[19]通过外源表达详细阐明了该基因簇中各个基因的功能,如图4所示。

图4

图4   paxilline的生物合成途径


随着微生物基因组信息的爆炸式产生,人们惊奇地发现,微生物中生物合成基因簇的数量远远多于从这些微生物中分离出来的天然产物。以放线菌为例,90%的生物合成基因簇的功能是未知的[20]。这些基因簇在实验室培养条件下不表达,被称为“cryptic gene clusters”。这也意味着对cryptic gene clusters进行激活可以发掘和鉴定出更多传统分离方法无法得到的新颖天然产物,同时阐明更多天然产物合成过程中的酶学机制,进一步促进了人们对天然产物化学以及酶学的认知与理解。目前对这类cryptic gene clusters进行激活主要有以下几种方法[21-23]:1)加入小分子诱发剂或者改变营养条件。2)对基因簇进行基因调控。3)外源表达。例如,通过对放线菌Streptomyces sp. CNB-091进行测序,Bradley S. Moore课题组找到了一个可能产生streptophenazine类天然产物的生物合成基因簇(spz),对这个基因簇进行外源表达,并没有分离得到新的天然产物。随后他们对这个基因簇中的两个负调控基因(spz28spz3)进行了敲除,敲除之后的突变株能够以较低水平产生四个新的streptophenazine类天然产物。最后他们通过将原始基因簇中的启动子置换为更加高效的组成型启动子,实现了该基因簇在实验室培养条件下的高表达,从而分离和鉴定出一系列新的streptophenazine类天然产物。根据这些天然产物以及基因簇中酶的功能预测,初步阐明了这些天然产物的生物合成途径[24]

2 植物来源天然产物的生物合成

虽然微生物天然产物的生物合成研究取得了显著的成就,但对植物来源天然产物的研究却显得进展缓慢。这主要是因为以下几个方面的原因造成的:1)与微生物相比,植物生长周期缓慢,遗传背景复杂,难以直接进行体内的基因敲除实验来快速确定酶的功能;2)植物蛋白的外源表达相对于微生物来讲也更有挑战性;3)植物基因组庞大,重复序列多,获取植物基因组信息成本更高、更困难;4)最重要的是,植物天然产物的生物合成基因一般认为是散落在基因组中,不成簇分布,这就使得生物合成化学家们无法通过寻找基因簇的方式找到所有参与植物天然产物生物合成中的基因,只能依次去寻找每一个基因,这大大增加了其中的工作量和难度。

吗啡(morphine)作为第一个被分离的天然产物,具有十分重要的药用价值,2013全年吗啡类药物的销售额高达116亿美元[25]。这样一个明星分子吸引着生物合成化学家研究其生物合成路线。吗啡的生物合成研究早在20世纪50年代就开始了,A. R. Battersby等人[26]通过C14标记实验首先证明了吗啡是由酪氨酸转化而来。通过C14标记中间体的喂养实验,1967年G. W. Kirby [27]在前人的基础上总结出了morphine的生物合成途径,他认为由酪氨酸出发,首先生成norlaudanosoline,然后依次转化成reticuline、salutaridine、salutaridinol、thebaine和codeine,最后生成morphine,如图5所示。在此推测的生物合成基础上,早期的研究者们希望通过活性导向的蛋白分离来验证这些过程的确是由酶催化产生的,例如,1993年,Meinhart H. Zenk等人[28]通过制备罂粟细胞的微粒体,成功检测到将(R)-reticuline转化为salutaridine的活性,并证明了催化该过程的酶是依赖NADPH和氧气的P450酶,随后他们又证明了salutaridinol acetyltransferase的存在[29]。由于测序技术等各种手段的限制,当时并没有鉴定这些蛋白的序列信息。现代分子生物学的发展,特别是测序技术的提高,以及各种组学(转录组、代谢组等)的普及,大大加速了吗啡生物合成基因的鉴定和表征。例如,1999年Toni M. Kutchan等人利用蛋白分离以及测序,得到了codeinone reductase的部分氨基酸序列,在此基础上,从罂粟cDNA中成功扩增和表达了codeinone reductase [30];2001年,他们成功在罂粟cDNA中扩增和表达了salutaridinol acetyltransferase [31],2009年,他们又成功鉴定和表征了salutaridine synthase (CYP719B1) [32]。2015年,Ian A. Graham [33]和Peter J. Facchini [34]两个课题组分别报道了催化(S)-reticuline生成(R)-reticuline的reticuline epimerase,至此,吗啡的整条生物合成途径已基本阐明清楚。

图5

图5   吗啡的生物合成途径


3 生物合成的潜在应用

植物天然产物往往天然含量低,分离提取面临着低效、高成本等问题,同时由于植物生长缓慢,对植物的大量砍伐还会造成生态破坏。阐明这些具有重要生物学活性天然产物的生物合成途径为植物天然产物的合成生物学发展奠定了基础,为这类天然产物的大量获取和工业生产提供了另一种选择[8]。2015年,C. D. Smolke [35]课题组将吗啡所需的必须基因异源导入到酵母中,实现了吗啡在酵母里的发酵生产。此外,青蒿素前体——青蒿酸也可以通过在酵母里的异源表达来快速、大量获取,其在酵母里的产量(干重的4.5%)甚至高于在青蒿体内的含量(干重的1.9%),但生长周期却从几个月缩短至几天[36]。利用该酵母生产的青蒿酸作为中间体,通过半合成的方式实现了青蒿素的工业生产(图6A) [37]。在理解生物合成的基础上,不仅可以将参与生物合成的酶导入到微生物中来生产天然产物或其中间体,还可以向已知代谢途径中引入不同的底物来拓展产物的多样性,Luo等[38]向通过基因工程手段获得的菌株yCAN31和yCAN40的培养液中添加19种不同的脂肪酸得到相应的CBGA (Cannabigerolic acid)和THCA (Δ9-tetrahydrocannabinolic acid)类似物,这样就可以通过发酵的方式得到天然产物及其类似物,为新药的研发以及生产提供了新的路径(图6B)。

图6

图6   生物合成的潜在应用


生物合成的研究不仅对于一些天然产物药物,特别是植物来源的天然产物药物的工业化生产具有重要意义,也为生化催化领域的发展奠定了基础。经过近200年的发展,尽管有机合成化学取得了辉煌的成就,极大地影响了人们的衣食住行,但对于复杂分子,特别是具有多个手性中心的天然产物的合成还是面临着步骤长,产率低等问题。同时化工生产往往也会带来耗能高、污染大等社会环境问题。与传统的金属催化剂或者小分子催化相比,酶可以实现传统催化剂无法实现的高选择性和高效率,且使用水作为溶剂,具有高效、无毒、绿色无污染等特点,已广泛应用于工业生产之中[39, 40]。挖掘和鉴定天然产物生物合成过程中的酶进一步丰富了现有的生物催化的“武器库”[41],同时,通过定向进化等酶工程的手段对这些酶进行改造,可以赋予酶全新的功能,进而实现传统催化剂难以实现的化学转化(图6C6D) [42, 43]

4 结语

经过科学家的不懈努力,目前在生物合成领域已经取得了很多突破,但我们所了解的生物合成途径仅仅是自然界中的冰山一角,仍然有很长的路要走。我们相信,随着测序技术和生物信息学的进一步成熟与进步,将进一步推进生物合成领域的发展,从而影响有机化学、合成生物学、酶工程等多个学科的发展与进步。

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