[1] Kumar, S. N. Am. J. Nanomater. 2015, 3 (1), 1. [2] Adleman, L. M. Science 1994, 266 (5187), 1021. [3] Okamoto, A.; Tanaka, K.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (30), 9458. [4] 高琳, 许进, 张军英. 电子学报, 2001, 29 (7), 973. [5] Chen, X.; Ellington, A. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2010, 21 (4), 392. [6] Aldossary, A.; Campos-Gonzalez-Angulo, J. A.; Pablo-García, S.; Leong, S. X.; Rajaonson, E. M.; Thiede, L.; Tom, G.; Wang. A.; Avagliano, D.; Aspuru-Guzik, A. Adv Mater. 2024, 36 (30), e2402369. [7] 鲍艳春, 石彩霞, 张传强, 谷明娟, 朱琳, 刘在霞, 周乐, 马凤英, 娜日苏, 张文广. 遗传, 2024, 46 (9), 701. [8] Nguyen, E.; Poli, M.; Durrant, M. G.; Kang, B.; Katrekar, D.; Li, D. B.; Bartie, L. J.; Thomas, A. W.; King, S. H.; Brixi, G.; et al. Science 2024, 386 (6723), eado9336. [9] Sanabria, M.; Hirsch, J.; Joubert, P. M.; Poetsch, A. R. Nat. Mach. Intell. 2024, 6 (8), 911. [10] Avsec, Ž.; Agarwal, V.; Visentin, D.; Ledsam, J. R.; Grabska-Barwinska, A.; Taylor, K. R.; Assael, Y.; Jumper, J.; Kohli, P.; Kelley, D. R. Nat. Methods. 2021, 18 (10), 1196. [11] Kabir, A.; Bhattarai, M.; Peterson, S.; Najman-Licht, Y.; Rasmussen, K. Ø.; Shehu, A.; Bishop, A. R.; Alexandrov, B.; Usheva, A. Nucleic Acids Res. 2024, 52 (19), e91. [12] Zhang, P.; Wei, L.; Li, J.; Wang, X. Natl. Sci. Rev. 2024, 11 (11), nwae343. [13] Yang, A.; Zhang, W.; Wang, J.; Yang, K.; Han, Y.; Zhang, L. Front. Bioeng. Biotechnol. 2020, 8, 1032. [14] Dixit, S.; Kumar, A.; Srinivasan, K.; Vincent, P. M. D. R.; Ramu-Krishnan, N. Front. Bioeng. Biotechnol. 2024, 11, 1335901. [15] Xie, R.; Zan, X.; Chu, L.; Su, Y.; Xu, P.; Liu, W. BMC Bioinformatics. 2023, 24 (1), 111. [16] Pang, S.; Ozawa, S.; Kasabov, N. IEEE. Trans. Syst. Man. Cybern. B. Cybern. 2005, 35 (5), 905. [17] Suykens, J. A. K.; Vandewalle, J. Neural Process. Lett. 1999, 9, 293. [18] Díaz-Uriarte, R.; Alvarez de Andrés, S. BMC Bioinformatics. 2006, 7, 1. [19] Lever, J.; Krzywinski, M. Nat. Methods. 2017, 14 (7), 641. [20] Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; et al. Nature 2005, 435 (7043), 834. [21] D'haeseleer, P. Nat. Biotechnol. 2005, 23 (12), 1499. [22] Belkina, A. C.; Ciccolella, C. O.; Anno, R.; Halpert, R.; Spidlen, J.; Snyder-Cappione, J. E. Nat. Commun. 2019, 10 (1), 5415. [23] Schmidhuber, J. Neural. Netw. 2015, 61, 85. [24] Larochelle, H.; Bengio, Y.; Louradour, J.; Lamblin, P. J. Mach. Learn. Res. 2009, 10 (1). [25] 周飞燕, 金林鹏, 董军. 计算机学报, 2017, 40 (6), 1229. [26] Grossberg, S. Scholarpedia 2013, 8 (2), 1888. [27] Hochreiter, S.; Schmidhuber, J. Neural Comput. 1997, 9 (8), 1735. [28] Chambers, J. D.; Cook, M. J.; Burkitt, A. N.; Grayden, D. B. Front Neurosci. 2024, 18, 1472747. [29] Creswell, A.; White, T.; Dumoulin, V.; Arulkumaran, K.; Sengupta, B.; Bharath, A. A. IEEE Signal Process. Mag. 2018, 35 (1), 53. [30] Li, C.; Xu, K.; Zhu, J.; Liu, J.; Zhang, B. IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 2022, 44 (12), 9629. [31] Wang, S. S.; Ellington, A. D. Chem. Rev. 2019, 119 (10), 6370. [32] Simmel, F. C.; Yurke, B.; Singh, H. R. Chem. Rev. 2019, 119 (10), 6326. [33] 纪守领, 李进锋, 杜天宇, 李博. 计算机研究与发展, 2019, 56 (10), 2071. [34] Yue, T.; Wang, Y.; Zhang, L.; Gu, C.; Xue, H.; Wang, W.; Lyu, Q.; Dun, Y. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24 (21), 15858. [35] Robinson, T.; Harkin, J.; Shukla, P. Bioinformatics 2021, 37 (13), 1785. [36] Fu, R.; Hou, J.; Wang, Z.; Xianyu, Y. ACS Nano. 2024, 18 (22), 14754. [37] Xiao, M.; Wang, X.; Yao, Q.; Li, L.; Fan, C.; Pei, H. Chem 2024, 10 (12), 3634. [38] Bardales, A. C.; Smirnov, V.; Taylor, K.; Kolpashchikov, D. M. Chembiochem. 2024, 25 (8), e202400080. [39] 胡子昂, 高利明, 余文颖. 中国药科大学学报, 2024, 55 (3), 335. [40] Fu, L.; Cao, Y.; Wu, J.; Peng, Q.; Nie, Q.; Xie, X. Nucleic Acids Res. 2022, 50 (3), e14. [41] 刘元宁, 臧子楠, 张浩, 刘震. 吉林大学学报(工学版), 2025, 55 (1), 297. [42] Zadeh, J. N.; Steenberg, C. D.; Bois, J. S.; Wolfe, B. R.; Pierce, M. B.; Khan, A. R.; Dirks, R. M.; Pierce, N. A. J. Comput. Chem. 2011, 32 (1), 170. [43] Fornace, M. E.; Huang, J.; Newman, C. T.; Porubsky, N. J.; Pierce, M. B.; Pierce, N. A. ChemRxiv. 2022; doi:10.26434/chemrxiv-2022-xv98l [44] Lee, J. W.; Won, J. H.; Jeon, S.; Choo, Y.; Yeon, Y.; Oh, J. S.; Kim, M.; Kim, S.; Joung, I.; Jang, C.; et al. Bioinformatics 2023, 39 (12), btad712. [45] Zhang, P.; Wei, L.; Li, J.; Wang, X. Natl. Sci. Rev. 2024, 11 (11), nwae343. [46] Ma, Y.; Chen, S.; Qi, X.; Lu, Z.; Bi, K. IEEE Trans. Nanobioscience 2025, 24 (1), 89. [47] Wang, R.; Chen, J. Peer J. Comput. Sci. 2024, 10, e2160. [48] Yang, W.; Luo, C.; Chen, S. Front. Genet. 2022, 13, 986325. [49] Zheng, T. Front. Genet. 2022, 13, 981269. [50] Liu, A.; Li, Y.; Shen, L.; Li, N.; Zhao, Y.; Shen, L.; Li, Z. Front. Genet. 2022, 13, 983445. [51] Dalla-Torre, H.; Gonzalez, L.; Mendoza-Revilla, J.; Lopez Carranza, N.; Grzywaczewski, A. H.; Oteri, F.; Dallago, C.; Trop, E.; de Almeida, B. P.; Sirelkhatim, H.; et al. Nat. Methods. 2025, 22 (2), 287. [52] Chaaban, S.; Ratkevičiūtė, G.; Lau, C. The Biochemist. 2024, 46 (2), 7. [53] 王冯璋, 刘源, 王初. 大学化学, 2025, 40 (1), 75. [54] Senior, A. W.; Evans, R.; Jumper, J.; Kirkpatrick, J.; Sifre, L.; Green, T.; Qin, C.; Žídek, A.; Nelson, A. W. R.; Bridgland, A.; et al. Nature 2020, 577 (7792), 706. [55] Jumper, J.; Evans, R.; Pritzel, A.; Green, T.; Figurnov, M.; Ronneberger, O.; Tunyasuvunakool, K.; Bates, R.; Žídek, A.; Potapenko, A.; et al. Nature 2021, 596 (7873), 583. [56] Evans, R.; O’Neill, M.; Pritzel, A.; Antropova, N.; Senior, A.; Green, T.; Žídek, A.; Bates, R.; Blackwell, S.; Yim, J.; et al. Protein complex prediction with AlphaFold-Multimer. [2024-12-25]. https://doi.org/10.1101/2021.10.04.463034 [57] Zidek, A.Technical_note_v2.3.0.Md. [2024-12-25]. https://github.com/google-deepmind/alphafold/blob/main/docs/technical_note_v2.3.0.md (2022) [58] Baek, M.; DiMaio, F.; Anishchenko, I.; Dauparas, J.; Ovchinnikov, S.; Lee, G. R.; Wang, J.; Cong, Q.; Kinch, L. N.; Schaeffer, R. D.; et al. Science 2021, 373 (6557), 871. [59] Krishna, R.; Wang, J.; Ahern, W.; Sturmfels, P.; Venkatesh, P.; Kalvet, I.; Lee, G. R.; Morey-Burrows, F. S.; Anishchenko, I.; Humphreys, I. R.; et al. Science 2024, 384 (6693), eadl2528. [60] Abramson, J.; Adler, J.; Dunger, J.; Evans, R.; Green, T.; Pritzel, A.; Ronneberger, O.; Willmore, L.; Ballard, A. J.; Bambrick, J.; et al. Nature 2024, 630 (8016), 493. [61] Steinegger, M.; Söding, J. Nat. Biotechnol. 2017, 35 (11). 1026. [62] Steinegger, M.; Söding, J. Nat. Commun. 2018, 9 (1), 2542. [63] Hippe, K.; Gbenro, S.; Cao, R. ProLanGO2: Protein Function Prediction with Ensemble of Encoder-Decoder Networks//Proceedings of the 11th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics. ACM BCB 2020, Virtual Conference, September 21-24, 2020. New York: Association for Computing Machinery (ACM), 2020: 1-6. [64] Gligorijević, V.; Renfrew, P. D.; Kosciolek, T.; Leman, J. K.; Berenberg, D.; Vatanen, T.; Chandler, C.; Taylor, B. C.; Fisk, I. M.; Vlamakis, H.; et al. Nat. Commun. 2021, 12 (1), 3168. [65] You, R.; Yao, S.; Mamitsuka, H.; Zhu, S. Bioinformatics 2021, 37 (Suppl. 1), i262. [66] Lin, Z.; Akin, H.; Rao, R.; Hie, B.; Zhu, Z.; Lu, W.; dos Santos Costa, A.; Fazel-Zarandi, M.; Sercu, T.; Candido, S.; et al. Language models of protein sequences at the scale of evolution enable accurate structure prediction. [2024-12-25]. https://doi.org/10.1101/2022.07.20.500902 [67] Oliveira, G. B.; Pedrini, H.; Dias, Z. BMC Bioinformatics 2023, 24 (1), 242. [68] Koo, D. C. E.; Bonneau, R. Bioinformatics 2019, 35 (10), 1737. [69] Törönen, P.; Medlar, A.; Holm, L. Nucleic Acids Res. 2018, 46 (W1), W84. [70] Gligorijević, V.; Barot, M.; Bonneau, R. Bioinformatics 2018, 34 (22), 3873. [71] Vargas, A. J.; Harris, C. C. Nat. Rev. Cancer 2016, 16 (8), 525. [72] Collins, F. S.; Varmus, H. N. Engl. J. Med. 2015, 372 (9), 793. [73] Thomasian, N. M.; Kamel, I. R.; Bai, H. X. Nat. Rev. Endocrinol. 2022, 18 (2), 81. [74] Benenson, Y.; Gil, B.; Ben-Dor, U.; Adar, R.; Shapiro, E. Nature 2004, 429 (6990), 423. [75] Seelig, G.; Soloveichik, D.; Zhang, D. Y.; Winfree, E. Science 2006, 314 (5805), 1585. [76] Lopez, R.; Wang, R.; Seelig, G. Nat. Chem. 2018, 10 (7), 746. [77] Zhang, C.; Zhao, Y.; Xu, X.; Xu, R.; Li, H.; Teng, X.; Du, Y.; Miao, Y.; Lin, H. C.; Han, D. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 709. [78] Su, H.; Xu, J.; Wang, Q.; Wang, F.; Zhou, X. Nat. Commun. 2019, 10 (1), 5390. [79] Moerman, P. G.; Schulman, R. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 626. [80] Zhang, C.; Zhao, Y.; Xu, X.; Xu, R.; Li, H.; Teng, X.; Du, Y.; Miao, Y.; Lin, H. C.; Han, D. Nat. Nanotechnol. 2020, 15 (8), 709. [81] Lopez, R.; Wang, R.; Seelig, G. Nat. Chem. 2018, 10 (7), 746. [82] Yang, L.; Tang, Q.; Zhang, M.; Tian, Y.; Chen, X.; Xu, R.; Ma, Q.; Guo, P.; Zhang, C.; Han, D. Nat. Commun. 2024, 15 (1), 4583. |