DNA历险记——氧化损伤篇
Adventures of DNA: Oxidative Damage
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收稿日期: 2022-04-24 接受日期: 2022-06-4
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Received: 2022-04-24 Accepted: 2022-06-4
DNA damage is a change in DNA structure caused by external or internal factors, including DNA alkylation, oxidation, mismatch, breakage. Although the DNA damage repair mechanism can repair damaged DNA to a certain extent, accumulated damage that is not repaired can seriously threaten genome stability and human life. Oxidative DNA damage is one of the most common types of damage, with 8-hydroxydeoxyguanosine as its biomarker. The quantitative detection of 8-hydroxydeoxyguanosine can reflect the degree of oxidative DNA damage, which is very important for the early diagnosis and treatment of diseases. In this paper, we introduce the production process, repair mechanism, and detection methods for 8-hydroxydeoxyguanosine.
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关喆, 宋红杰, 刘睿.
Guan Zhe.
DNA是由脱氧核糖核苷酸为单体组成的生物大分子,而脱氧核糖核苷酸则由脱氧核糖、磷酸和碱基构成。其中正常的碱基有4种,分别为腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C),4种碱基的结构如图 1所示。在DNA反向平行的双螺旋结构中,碱基间通过氢键进行互补配对,位于双螺旋的内侧;磷酸和脱氧核糖通过磷酸二酯键相连,位于双螺旋的外侧,构成了DNA的骨架。DNA严格的碱基互补配对原则以及精巧的双螺旋结构保障着遗传信息的传递和表达。
图1
我们生存在一个富氧的环境中,人和动物的各种生命活动都离不开氧气的参与。但与此同时,氧活泼的化学性质也常导致生物大分子发生损伤,DNA也包括在内。在众多的DNA氧化损伤产物中,8-羟基脱氧鸟苷(8-OHdG)因其特殊的化学性质,往往被认为是DNA氧化损伤的生物标志物[5]。DNA小核最近就遭遇了活性氧的攻击,它的一个鸟嘌呤碱基被氧化修饰……
1 不速之客ROS抢夺电子致DNA氧化受损
图2
ROS导致的DNA氧化损伤类型有很多种,包括DNA链断裂、碱基修饰、碱性位点和DNA蛋白质交联等[7]。在众多的活性氧自由基中,羟基自由基(∙OH)是造成生物分子氧化受损最活泼的自由基,其在细胞有氧代谢过程中通过Fenton反应生成[8],其化学反应式为Fe2++ H2O2 → Fe3+ + ∙OH + OH−。由于鸟嘌呤的氧化电位最低,分子轨道能级较高,很容易受到∙OH的攻击而形成加合物[5]。小核所遭遇的这次损伤即是∙OH攻击鸟嘌呤的第8位碳原子生成C8-OH加合物自由基,而后自由基的一个电子被氧化生成的。除了生成8-羟基鸟嘌呤,C8-OH加合物自由基的电子也可能被还原生成甲酰氨基嘧啶[8, 9],其反应机制如图 3所示。
图3
2 酶医生各司其职全力抢救
DNA Damage Hospital的酶医生感受到了事故的发生,连忙对小核进行治疗。它们各司其职,有条不紊。首先上手术台的医生是DNA糖基化酶(OGG1),它准确地识别了被修饰的鸟嘌呤在小核身体中的位置。随后,它将N-糖苷键水解,使得损伤碱基8-羟基鸟嘌呤从小核身体中移除,在损伤处产生无碱基位点(AP位点)。就此,DNA糖基化酶的工作完成,医生AP核酸内切酶(APE1)开始工作。它负责剪切AP位点处的磷酸二酯键,为碱基的进一步修复做准备。之后,医生DNA聚合酶(DNA pol)和DNA连接酶(DNA ligase)合作在DNA链空缺处补上正常的鸟嘌呤[6, 10, 11]。手术顺利完成,小核的损伤被修复,手术过程如图 4所示。
图4
生物体存在着DNA损伤修复机制,可以对DNA的各类损伤进行修复。修复过程中的酶就好比是医生,不同的酶可以对DNA不同的损伤进行诊断和治疗。在DNA损伤应答中,酶医生主要通过碱基切除修复(BER)途径对碱基修饰损伤进行诊断和治疗,即小核被医治的过程。
3 分析方法各显神通检测8-羟基脱氧鸟苷
DNA小核在酶医生的救治下恢复了健康。医生对小核说,现实状况下,由于我们生存环境的复杂性以及酶医生工作效率的有限性,并不是所有的DNA损伤都能够得到修复。你所受到的损伤是很典型的,8-羟基鸟嘌呤无法特异性与胞嘧啶配对,而同时具有与A、T、C配对的能力[5]。假如我们没有及时发现你的病情并开展有效的治疗,8-OHdG在DNA复制过程中与其他碱基错配,便可能导致突变的发生。我们DNA Damage Hospital的医生曾经遇到过8-羟基鸟嘌呤与腺嘌呤A错配而导致G : C → T : A突变的病例,但这种突变被治愈的过程很漫长,甚至无法被治愈[5]。8-OHdG的不断积累还会促进DNA氧化损伤的发生,使得某些基因发生突变,从而导致我们赖以生存的细胞家园衰老死亡,甚至引发我们身体主人患上癌症等严重的疾病[1]。小核在听完酶医生的话后,感觉自己十分幸运,但也开始担忧起自己身体的未来……
图5
此外,应用较多的还有酶联免疫吸附法(ELISA法)、32P后标记法和PY共振光散射法等。ELISA是利用抗体与酶复合物结合,通过显色来检测抗体或抗原的方法。其基本原理如图 6所示,8-OHdG固相抗原与样品中的8-OHdG竞争一定量的8-OHdG特异性单克隆抗体,再用特异性酶联抗体标记与固相抗原结合的特异性单克隆抗体,加入底物显色后,测定光密度值,通过计算与固相抗原结合的特异性单克隆抗体含量来间接计算样品中8-OHdG的含量[16]。32P后标记法将DNA链降解为3’单核苷酸后去磷酸化,被羟基加合的单磷酸核苷可以抵抗去磷酸化作用,使得[γ-32P]ATP的磷酸基团可以在酶的作用下转移到加合物核苷酸上,对[γ-32P]ATP进行检测可以间接获得加和物的含量[14, 17]。PY共振光散射法利用吡啰红Y阳离子染料与8-OHdG阴离子形成离子缔合物,导致体系的共振光散射增强实现定量检测[18]。
图6
不同的检测方法各有特点,在实际应用中应根据所需选择合适的检测方案,表 1总结了常见8-OHdG检测方法的相关参数。
表1 常见8-OHdG检测方法的相关参数
| 分析方法 | 检出限 | 线性范围 | 线性相关系数 | 平均加标回收率 | 参考文献 |
| HPLC-ECD | 13 pg∙mL−1 | 0.01–15 ng∙mL−1 | 0.989–0.999 | 96.52% | 20 |
| GC-MS | 0.14 ng∙mL−1 | 1.4–2800 ng∙mL−1 | 0.9989 | 99.37% | 21 |
| ELISA | 0.5 ng∙mL−1 | 0.5–60 ng∙mL−1 | 0.9 | – | 22 |
| PY共振光散射 | 15.2 ng∙mL−1 | 50–226.4 ng∙mL−1 | 0.999 | 92.2% | 18 |
| 32P后标记法 | 1个8-OHdG/106核苷 | – | – | – | 17 |
数据来源于参考文献,除32P后标记法的检测样品为小鼠组织DNA外,其他四种方法的检测样品均为人尿液;
在进行加标回收实验时,表中5种方法的加标浓度不同,每种方法所列出的回收率值是几组实验的平均值
4 结语
小核的这次遭遇给它留下了深刻的印象,它忘不了活性氧加合在鸟嘌呤上时给它带来的痛苦,也忘不了机智的酶医生对它精心的照顾和治疗,但也担心自己可能随时受到内外界的攻击。它在心里默默许愿:希望身体主人能够爱护好身体,比如按时休息、不抽烟、减少接触紫外线辐射或电离辐射等,也希望有更准确、更快速、更便捷的DNA损伤检测方法被研发出来。
参考文献
DOI:10.1126/science.aao4426 [本文引用: 1]
DOI:10.1016/j.cccn.2003.09.010 [本文引用: 4]
DOI:10.1016/S0891-5849(02)00826-2 [本文引用: 2]
DOI:10.1016/S0300-9084(99)80039-X [本文引用: 2]
DOI:10.1016/j.csbj.2019.12.013 [本文引用: 1]
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