[1] Anfinsen, C. B. Science 1973, 181, 223. [2] Simons, K. T.; Kooperberg, C.; Huang, E; Baker, D. J. Mol. Biol. 1997, 268, 209. [3] Simons, K. T.; Bonneau, R.; Ruczinski, I.; Baker, D. Proteins 1999, 37, 171. [4] Šali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779. [5] Roy, A.; Kucukural, A.; Zhang, Y. Nat. Protoc. 2010, 5, 725. [6] Kryshtafovych, A.; Schwede, T.; Topf, M.; Fidelis, K.; Moult, J. Proteins 2023, 91, 1539. [7] Fariselli, P. Protein Eng. 1999, 12, 15. [8] Wang, S.; Sun, S.; Li, Z.; Zhang, R. Xu, J. PLOS Comput. Biol. 2017, 13, e1005324. [9] He, K.; Zhang, X.; Ren, S. Sun, J. Deep Residual Learning for Image Recognition. In 2016 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR), Las Vegas, NV, USA, Jun 27-30, 2016; IEEE: Las Vegas, NV, USA, 2016; pp. 770-778. [10] Senior, A. W.; Evans, R.; Jumper, J.; Kirkpatrick, J.; Sifre, L.; Green, T.; Qin, C.; Žídek, A.; Nelson, A. W. R.; Bridgland, A.; et al. Nature 2020, 577, 706. [11] Yang, J.; Anishchenko, I.; Park, H.; Peng, Z.; Ovchinnikov, S.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2020, 117, 1496. [12] Jumper, J.; Evans, R.; Pritzel, A.; Green, T.; Figurnov, M.; Ronneberger, O.; Tunyasuvunakool, K.; Bates, R.; Žídek, A.; Potapenko, A.; et al. Nature 2021, 596, 583. [13] Method of the Year 2021: Protein Structure Prediction. Nat. Methods 2022, 19, 1. [14] Tunyasuvunakool, K.; Adler, J.; Wu, Z.; Green, T.; Zielinski, M.; Žídek, A.; Bridgland, A.; Cowie, A.; Meyer, C.; Laydon, A.; et al. Nature 2021, 596, 590. [15] Varadi, M.; Bertoni, D.; Magana, P.; Paramval, U.; Pidruchna, I.; Radhakrishnan, M.; Tsenkov, M.; Nair, S.; Mirdita, M.; Yeo, J.; et al. Nucleic Acids Res. 2023, 52, D368. [16] Regan, L.; DeGrado, W. F. Science 1988, 241, 976. [17] Lovejoy, B.; Choe, S.; Cascio, D.; McRorie, D. K.; DeGrado, W. F.; Eisenberg, D. Science 1993, 259, 1288. [18] Handel, T. M.; Williams, S. A.; DeGrado, W. F. Science 1993, 261, 879. [19] Dahiyat, B. I.; Mayo, S. L. Science 1997, 278, 82. [20] Kuhlman, B.; Dantas, G.; Ireton, G. C.; Varani, G.; Stoddard, B. L.; Baker, D. Science 2003, 302, 1364. [21] Kortemme, T.; Joachimiak, L. A.; Bullock, A. N.; Schuler, A. D.; Stoddard, B. L.; Baker, D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 371. [22] Karanicolas, J.; Corn, J. E.; Chen, I.; Joachimiak, L. A.; Dym, O.; Peck, S. H.; Albeck, S.; Unger, T.; Hu, W.; Liu, G. et al. Mol. Cell 2011, 42, 250. [23] Jiang, L.; Althoff, E. A.; Clemente, F. R.; Doyle, L.; Röthlisberger, D.; Zanghellini, A.; Gallaher, J. L.; Betker, J. L.; Tanaka, F.; Barbas, C. F.; et al. Science 2008, 319, 1387. [24] Röthlisberger, D.; Khersonsky, O.; Wollacott, A. M.; Jiang, L.; DeChancie, J.; Betker, J.; Gallaher, J. L.; Althoff, E. A.; Zanghellini, A.; Dym, O.; et al. Nature 2008, 453, 190. [25] Correia, B. E.; Bates, J. T.; Loomis, R. J.; Baneyx, G.; Carrico, C.; Jardine, J. G.; Rupert, P.; Correnti, C.; Kalyuzhniy, O.; Vittal, V.; et al. Nature 2014, 507, 201. [26] Correia, B. E.; Ban, Y.-E. A.; Holmes, M. A.; Xu, H.; Ellingson, K.; Kraft, Z.; Carrico, C.; Boni, E.; Sather, D. N.; Zenobia, C.; et al. Structure 2010, 18, 1116. [27] Fleishman, S. J.; Whitehead, T. A.; Ekiert, D. C.; Dreyfus, C.; Corn, J. E.; Strauch, E.-M.; Wilson, I. A.; Baker, D. Science 2011, 332, 816. [28] Silva, D.-A.; Yu, S.; Ulge, U. Y.; Spangler, J. B.; Jude, K. M.; Labão-Almeida, C.; Ali, L. R.; Quijano-Rubio, A.; Ruterbusch, M.; Leung, I.; et al. Nature 2019, 565, 186. [29] King, N. P.; Bale, J. B.; Sheffler, W.; McNamara, D. E.; Gonen, S.; Gonen, T.; Yeates, T. O.; Baker, D. Nature 2014, 510, 103. [30] King, N. P.; Sheffler, W.; Sawaya, M. R.; Vollmar, B. S.; Sumida, J. P.; André, I.; Gonen, T.; Yeates, T. O.; Baker, D. Science 2012, 336, 1171. [31] Hosseinzadeh, P.; Bhardwaj, G.; Mulligan, V. K.; Shortridge, M. D.; Craven, T. W.; Pardo-Avila, F.; Rettie, S. A.; Kim, D. E.; Silva, D.-A.; Ibrahim, Y. M.; et al. Science 2017, 358, 1461. [32] Bhardwaj, G.; O’Connor, J.; Rettie, S.; Huang, Y.-H.; Ramelot, T. A.; Mulligan, V. K.; Alpkilic, G. G.; Palmer, J.; Bera, A. K.; Bick, M. J.; et al. Cell 2022, 185, 3520. [33] Baek, M.; DiMaio, F.; Anishchenko, I.; Dauparas, J.; Ovchinnikov, S.; Lee, G. R.; Wang, J.; Cong, Q.; Kinch, L. N.; Schaeffer, R. D.; et al. Science 2021, 373, 871. [34] Watson, J. L.; Juergens, D.; Bennett, N. R.; Trippe, B. L.; Yim, J.; Eisenach, H. E.; Ahern, W.; Borst, A. J.; Ragotte, R. J.; Milles, L. F.; et al. Nature 2023, 620, 1089. [35] Dauparas, J.; Anishchenko, I.; Bennett, N.; Bai, H.; Ragotte, R. J.; Milles, L. F.; Wicky, B. I. M.; Courbet, A.; de Haas, R. J.; Bethel, N.; et al. Science 2022, 378, 49. [36] Abramson, J.; Adler, J.; Dunger, J.; Evans, R.; Green, T.; Pritzel, A.; Ronneberger, O.; Willmore, L.; Ballard, A. J.; Bambrick, J.; et al. Nature 2024, 630, 493. |