大学化学, 2024, 39(3): 118-121 doi: 10.3866/PKU.DXHX202311043

专题

Diamond软件在单形教学中的应用

吴平伟,

Application of Diamond Software in Simplex Teaching

Wu Pingwei,

通讯作者: 吴平伟,Email: wupingwei@ouc.edu.cn

收稿日期: 2023-11-15   接受日期: 2024-01-15  

基金资助: 2021年度中国海洋大学本科教育教学研究项目.  2021JY187

Received: 2023-11-15   Accepted: 2024-01-15  

Abstract

The method of constructing 47 crystal simplex models using Diamond software and its application in teaching were introduced.

Keywords: Simplex ; Crystallography ; Diamond software

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吴平伟. Diamond软件在单形教学中的应用. 大学化学[J], 2024, 39(3): 118-121 doi:10.3866/PKU.DXHX202311043

Wu Pingwei. Application of Diamond Software in Simplex Teaching. University Chemistry[J], 2024, 39(3): 118-121 doi:10.3866/PKU.DXHX202311043

单形是晶体学中的一个重要概念。一个面经点群对称动作完整操作后形成的形状就是单形。单形中各面同形、等大。有的单形非常简单,比如三斜和单斜点群的单面、平行双面和相交双面,正交、四方和三方、六方中的单锥、双锥、柱;有些较为复杂,如复锥、复双锥、复柱、四面体、八面体;有些则较为难以想象,比如立方点群的五角三八面体、五角三四面体和五角十二面体等。在教学实践中发现,这些复杂形状对于很多学生简直是噩梦。因此,如何让学生更容易且清晰地理解这些形状是单形教学中的一个难点。

Diamond软件是一款功能非常强大的晶体结构绘图软件,在对称性教学[1, 2]、原子堆积模型教学[3]、配位化学教学[4, 5]、X射线衍射教学[6, 7],甚至蛋白质教学[8]中都有应用。用Diamond软件构造晶体结构模型时,只能输入点的坐标,而不能直接输入晶面指数以得到单形。从单形的定义可知,其顶点常位于对称元素上。因此,可以通过输入点的坐标,用Diamond软件中构造多面体的功能来得到单形。而且,抓住了位于对称元素上的顶点这一关键信息,在单形教学和理解上也很有帮助。下面以单形五角三四面体的构造来说明相关问题。关于Diamond软件的使用,可参考文章《晶体结构模型软件Diamond的使用技巧》[9]。

图 1a是已经构造好的一个单形五角三四面体。五角三四面体的对称性点群是23,但Diamond软件中只提供空间群,所以首先要选取合适的空间群。如果考虑简单格子的一个晶胞,则其空间群与点群23相当,故可选用P23空间群来构造五角三四面体。五角三四面体的顶点有位于三次轴上的,即图 1中的顶点1和3;也有不位于任何对称元素上的,即顶点2。顶点1和3虽然都位于三次轴上,但距离中心的距离并不相同。所以,在选择坐标时顶点1和3都选位置对称性为.3.的等效点系4e,但坐标取不同的值。此处用的坐标值分别为4e (0.255)和4e (0.705)。而顶点2不位于任何对称元素上,故只能选一般等效点系12j。但是,因为要求顶点1、3和三个顶点2共面,所以当顶点1、3的值选定后,顶点2的坐标值并不能随意填写。这需要经过多次尝试,此处确定的顶点2坐标值是12j (0.63, 0.47, 0.87)。

图1

图1   用Diamond软件构造的五角三四面体模型

(a) 单形五角三四面体;(b) 将一个面标记为F1并设计为红色的五角三四面体;(c) 顶点2的x和y坐标值互换后形成的五角三四面体,其是b图中单形的对映体,二者呈镜面对称关系。电子版为彩图


设置好顶点坐标后,填充一个晶胞,就可以构造五角三四面体多面体。多面体的构造方式有两种:(1) 选中所有的原子,使用Build|Polyhedral|Construct Polyhedron功能,一键构造出整个五角三四面体。(2) 选择共面的顶点1、3和三个2,使用相同的功能构造出一个面,此时在面中心会出现一个Dummy原子。把所有的原子都删除后,再次填充一个晶胞。用Build|Polyhedral|Add Polyhedron功能,以Dummy原子为中心,以1、2、3顶点为配位原子构造多面体。方式(2)的优点是:a) 可以用Objects|Atom Labels功能为每个Dummy原子编号,即相当于为每个面编号。如果不想显示某些或某种原子而只显示编号,把它们的半径设为0.001即可。如果想使得顶点和Dummy等所有原子都不可见而只显示编号,则可使用Picture|Hide|Hide all atoms功能。b) 可以对每个面单独操作,比如设计其颜色、透明度等,以方便观察和区分。图 1b显示的就是以方式2构造的五角三四面体,在其中所有Dummy原子均不可见,一个面编号为F1,并将其设计为红色。对于23这样不存在对称中心的点群,其单形具有手性,有左右形之分。左右形成对映关系,不能通过旋转等操作重合。在Diamond软件中,构造出一个单形的对映体非常简单,只需把不在对称元素上的顶点的x、y坐标值互换即可。图 1c显示了图 1b所示单形的对映体。从中很容易看出它们之间的镜面对称关系。

完成模型制作后,点击File|Save可将模型保存。如果想保存模型的图片,则点击File|Save|Save Graphics As,在弹出框中将文件保存为所需格式即可。按照这种方法,可以构造出所有47种单形,并且根据自己的需要对顶点和面标识,比如标记出顶点所在对称元素并编号。由于可以很清晰地标识位于对称元素上的顶点,在教学过程中,教师在课上可以很方便地解释各面之间的对称关系,学生在课下也可以自己操作,从不同方向观察模型,加深对单形形状及对称性的认识。表 1给出了构造各单形所需的空间群及相关顶点参数。对于像五角三四面体这种对坐标有特殊要求的情况,表中给出了笔者所确定的坐标供读者参考。在表 1中,列出了所有47种单形。但对于单面、平行双面和二面体,因为形状过于简单,并未给出构造相应单形所需的参数。

表1   构造47种单形所用空间群及顶点坐标∇

序号单形所用空间群顶点坐标
1单面
2平行双面
3二面体
4斜方四面体P2224u
5斜方锥Pmm21d;2h;2f
6斜方柱Pmmm4v;4x
7斜方双锥Pmmm2l;2p;2t
8四方锥P4mm1b;4d
9四方四面体P$ \stackrel{-}{4} $2m4n
10四方柱P4/mmm8r
11四方偏方面体P4222h (0.165);8p (0.28, 0.37, 0.45)
12复四方单锥P4mm1b;4d;4f
13四方偏三角面体P$ \stackrel{-}{4} $2m2h;4n
14四方双锥P4/mmm2h;4k
15复四方柱P4/mmm8r;8t
16复四方双锥P4/mmm2h;4k;4o
17三方锥R3m1a;3b
18三方柱*P$ \stackrel{-}{6} $2m12l
19三方偏方面体R322c (0.18);6f (0.12, 0.3, 0.82)
20复三方锥R3m1a;3b;3b &
21菱面体R$ \stackrel{-}{3} $m1a
22复三方柱*P$ \stackrel{-}{6} $2m12l;12l &
23六方锥§P6mm1a;6e
24三方双锥*P$ \stackrel{-}{6} $2m4h;6k
25六方柱§P6/mmm12o
26复三方偏三角面体R$ \stackrel{-}{3} $m2c;6h
27六方偏方面体§P6221a;12n (0.455, 0.12, 0.468)
28复六方锥§P6mm1a;6d;6e;6d;6e
29复三方双锥*P$ \stackrel{-}{6} $2m4h;6k;6k &
30复六方柱§P6/mmm12n;12o &
31六方双锥§P6/mmm2e;6m
32复六方双锥§P6/mmm2e;6k;6m
33四面体P$ \stackrel{-}{4} $3m8g
34立方体Pm$ \stackrel{-}{3} $m4e
35八面体Pm$ \stackrel{-}{3} $m6f
36五角三四面体P234e (0.255);4e (0.705);12j (0.63, 0.47, 0.87)
37五角十二面体Pm$ \stackrel{-}{3} $8i (1/3);12k (0.605, 0.77)
38四角三四面体P$ \stackrel{-}{4} $3m4e (0.7);4e (0.215);6g (0.03)
39三角三四面体P$ \stackrel{-}{4} $3m4e (0.2);4e (0.9)
40菱形十二面体Pm$ \stackrel{-}{3} $m3c;8g (0.77)
41偏方复十二面体Pm$ \stackrel{-}{3} $6h (0.15);8i (0.3);12k (0.2, 0.3)
42三角三八面体Pm$ \stackrel{-}{3} $m6f (0.32);8g (0.05)
43四角三八面体Pm$ \stackrel{-}{3} $m6f (0.05);8g (0.25);12j (0.8)
44五角三八面体P4326f (0.095);8g (0.304);24k (0.2, 0.315, 0.45)
45六四面体P$ \stackrel{-}{4} $3m4e (0.23);4e (0.7);6g (0.9)
46四六面体Pm$ \stackrel{-}{3} $m6f (0.2);8g (0.7)
47六八面体Pm$ \stackrel{-}{3} $m3c;8g (0.2);12j (0.15)

∇所有坐标均按晶体学习惯使用分数坐标,对特殊等效点系,只给出待定坐标。∗由于所用空间群的格子类型是六方,故用所给数据在每个晶胞中可做出两个单形。 &两者的x、y不相等,z坐标相等。§因为软件中六方晶胞并不取四轴坐标系,所以要用到xy平面的四个单胞。

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参考文献

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