[1] Sarker, I. H. SN Comput. Sci. 2021, 2, 160. [2] Moen, E.; Bannon, D.; Kudo, T.; Graf, W.; Covert, M.; Van Valen, D. Nat. Meth. 2019, 16, 1233. [3] Madanian, S.; Chen, T.; Adeleye, O.; Templeton, J. M.; Poellabauer, C.; Parry, D.; Schneider, S. L. Intell. Syst. Appl. 2023, 20, 200266. [4] 刘小平, 刘耀虎, 郑企雨, 朱相丽. 化学通报, 2023, 86, 748. [5] 孙婕, 李子昊, 张书宇. 上海交通大学学报, 2023, 57, 1231. [6] Jumper, J.; Evans, R.; Pritzel, A.; Green, T.; Figurnov, M.; Ronneberger, O.; Tunyasuvunakool, K.; Bates, R.; Žídek, A.; Potapenko, A., et al. Nature 2021, 596, 583. [7] Yano, J.; Gaffney, K. J.; Gregoire, J.; Hung, L.; Ourmazd, A.; Schrier, J.; Sethian, J. A.; Toma, F. M. Nat. Rev. Chem. 2022, 6, 357. [8] Holme, T. A.; Luxford, C. J.; Brandriet, A. J. Chem. Educ. 2015, 92, 1477. [9] Langer, M. F.; Goeßmann, A.; Rupp, M. npj Comput. Mater. 2022, 8, 41. [10] Weininger, D. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1988, 28, 31. [11] Heller, S. R.; Mcnaught, A.; Pletnev, I.; Stein, S.; Tchekhovskoi, D. J. Cheminf. 2015, 7, 23. [12] Rogers, D.; Hahn, M. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 742. [13] Behler, J. J. Chem. Phys. 2011, 134, 074106. [14] Bartók, A. P.; Kondor, R.; Csányi, G. Phys. Rev. B 2013, 87, 184115. [15] Wolpert, D. H. Neural Comput. 1996, 8, 1341. [16] Wolpert, D. H.; Macready, W. G. IEEE Trans. Evol. Comput. 1997, 1, 67. [17] Williams, W. L.; Zeng, L.; Gensch, T.; Sigman, M. S.; Doyle, A. G.; Anslyn, E. V. ACS Cent. Sci. 2021, 7, 1622. [18] Corey, E. J.; Wipke, W. T. Science 1969, 166, 178. [19] Pensak, D. A.; Corey, E. J. LHASA—Logic and Heuristics Applied to Synthetic Analysis. In Computer-Assisted Organic Synthesis, Washington, DC, 1977; Wipke, W. T., Howe, W. J.; AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 1977: 1–32. [20] Szymkuć, S.; Gajewska, E. P.; Klucznik, T.; Molga, K.; Dittwald, P.; Startek, M.; Bajczyk, M.; Grzybowski, B. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 5904. [21] Klucznik, T.; Mikulak-Klucznik, B.; Mccormack, M. P.; Lima, H.; Szymkuć, S.; Bhowmick, M.; Molga, K.; Zhou, Y.; Rickershauser, L.; Gajewska, E. P.; et al. Chem. 2018, 4, 522. [22] Kowalik, M.; Gothard, C. M.; Drews, A. M.; Gothard, N. A.; Weckiewicz, A.; Fuller, P. E.; Grzybowski, B. A.; Bishop, K. J. M. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 7928. [23] Beker, W.; Gajewska, E. P.; Badowski, T.; Grzybowski, B. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2019, 58, 4515. [24] Badowski, T.; Gajewska, E. P.; Molga, K.; Grzybowski, B. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59, 725. [25] 刘伊迪, 杨骐, 李遥, 张龙, 罗三中. 有机化学, 2020, 40, 3812. [26] Coley, C. W.; Thomas, D. A.; Lummiss, J. a. M.; Jaworski, J. N.; Breen, C. P.; Schultz, V.; Hart, T.; Fishman, J. S.; Rogers, L.; Gao, H.; et al. Science 2019, 365, eaax1566. [27] Koch, M.; Duigou, T.; Faulon, J.-L. ACS Synth. Biol. 2020, 9, 157. [28] Delépine, B.; Duigou, T.; Carbonell, P.; Faulon, J.-L. Metab. Eng. 2018, 45, 158. [29] Finnigan, W.; Hepworth, L. J.; Flitsch, S. L.; Turner, N. J. Nat. Catal. 2021, 4, 98. [30] Genheden, S.; Thakkar, A.; Chadimová, V.; Reymond, J.-L.; Engkvist, O.; Bjerrum, E. J. Cheminf. 2020, 12, 70. [31] Schwaller, P.; Petraglia, R.; Zullo, V.; Nair, V. H.; Haeuselmann, R. A.; Pisoni, R.; Bekas, C.; Iuliano, A.; Laino, T. Chem. Sci. 2020, 11, 3316. [32] Probst, D.; Manica, M.; Nana Teukam, Y. G.; Castrogiovanni, A.; Paratore, F.; Laino, T. Nat. Commun. 2022, 13, 964. [33] Zheng, S.; Zeng, T.; Li, C.; Chen, B.; Coley, C. W.; Yang, Y.; Wu, R. Nat. Commun. 2022, 13, 3342. [34] Yang, L.-C.; Zhu, L.-J.; Zhang, S.-Q.; Hong, X. Chin. J. Chem. 2022, 40, 2106. [35] Mikulak-Klucznik, B.; Gołębiowska, P.; Bayly, A. A.; Popik, O.; Klucznik, T.; Szymkuć, S.; Gajewska, E. P.; Dittwald, P.; Staszewska-Krajewska O.; Beker W.; et al. Nature 2020, 588, 83. [36] Lin, Y.; Zhang, Z.; Mahjour, B.; Wang, D.; Zhang, R.; Shim, E.; Mcgrath, A.; Shen, Y.; Brugger, N.; Turnbull, R.; et al. Nat. Commun. 2021, 12, 7327. [37] Wołos, A.; Koszelewski, D.; Roszak, R.; Szymkuć, S.; Moskal, M.; Ostaszewski, R.; Herrera, B. T.; Maier, J. M.; Brezicki, G.; Samuel, J.; et al. Nature 2022, 604, 668. [38] Lin, Y.; Zhang, R.; Wang, D.; Cernak, T. Science 2023, 379, 453. [39] Kreutter, D.; Reymond, J.-L. Chem. Sci. 2023, 14, 9959. [40] Levin, I.; Liu M.; Voigt, C. A.; Coley, C. W. Nat. Commun. 2022, 13, 7747. [41] Klucznik, T.; Syntrivanis, L.-D.; Baś, S.; Mikulak-Klucznik, B.; Moskal, M.; Szymkuć, S.; Mlynarski, J.; Gadina, L.; Beker, W.; Burke, M. D.; et al. Nature 2024, 625, 508. [42] Hollingsworth, S. A.; Dror, R. O. Neuron 2018, 99, 1129. [43] Ciccotti, G.; Dellago, C.; Ferrario, M.; Hernández, E. R.; Tuckerman, M. E. Eur. Phys. J. B 2022, 95, 3. [44] Han, J.; Chen, Y.; Wang, J.; Zhang, G.; Wang, H. Int. J. Adv. Manuf. Tech. 2022, 122, 1195. [45] Wu, X.; Xu, L.-Y.; Li, E.-M.; Dong, G. Chem. Biol. Drug. Des. 2022, 99, 789. [46] Groß, A.; Sakong, S. Chem. Rev. 2022, 122, 10746. [47] Paquet, E.; Viktor, H. L. Adv. Chem. 2018, 2018, 9839641. [48] Van Gunsteren, W. F.; Daura, X.; Hansen, N.; Mark, A. E.; Oostenbrink, C.; Riniker, S.; Smith, L. J. Angew. Chem. Int. Ed. 2018, 57, 884. [49] Mardirossian, N.; Head-Gordon, M. Mol. Phys. 2017, 115, 2315. [50] Blank, T. B.; Brown, S. D.; Calhoun, A. W.; Doren, D. J. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4129. [51] Behler, J.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 146401. [52] Kocer, E.; Ko, T. W.; Behler, J. Annu. Rev. Phys. Chem. 2022, 73, 163. [53] Behler, J. Chem. Rev. 2021, 121, 10037. [54] 周佳. 大学化学, 2024, 39 (3), 351. [55] Tokita, A. M.; Behler, J. J. Chem. Phys. 2023, 159, 121501. [56] Gassner, H.; Probst, M.; Lauenstein, A.; Hermansson, K. J. Phys. Chem. 1998, 102, 4596. [57] Lorenz, S.; Groß, A.; Scheffler, M. Chem. Phys. Lett. 2004, 395, 210. [58] Manzhos, S.; Carrington, T., Jr. J. Chem. Phys. 2007, 127, 014103. [59] Artrith, N.; Morawietz, T.; Behler, J. Phys. Rev. B 2011, 83, 153101. [60] Jose, K. V. J.; Artrith, N.; Behler, J. J. Chem. Phys. 2012, 136, 194111. [61] Jiang, B.; Guo, H. J. Chem. Phys. 2013, 139, 054112. [62] Ghasemi, S. A.; Hofstetter, A.; Saha, S.; Goedecker, S. Phys. Rev. B 2015, 92, 045131. [63] Yao, K.; Herr, J. E.; Brown, S. N.; Parkhill, J. J. Phys. Chem. Lett. 2017, 8, 2689. [64] Schütt, K. T.; Arbabzadah, F.; Chmiela, S.; Müller, K. R.; Tkatchenko, A. Nat. Commun. 2017, 8, 13890. [65] Smith, J. S.; Isayev, O.; Roitberg, A. E. Chem. Sci. 2017, 8, 3192. [66] Schütt, K. T.; Kindermans, P.-J.; Sauceda, H. E.; Chmiela, S.; Tkatchenko, A.; Müller, K.-R. Schnet: A Continuous-Filter Convolutional Neural Network for Modeling Quantum Interactions. Proceedings of the 31st International Conference on Neural Information Processing Systems, Long Beach, California, USA; Curran Associates Inc. 2017: 992. [67] Zhang, L.; Han, J.; Wang, H.; Car, R.; E. W. Phys. Rev. Lett. 2018, 120, 143001. [68] Yao, K.; Herr, J. E.; Toth, D. W.; Mckintyre, R.; Parkhill, J. Chem. Sci. 2018, 9, 2261. [69] Lubbers, N.; Smith, J. S.; Barros, K. J. Chem. Phys. 2018, 148, 241715. [70] Zhang, Y.; Hu, C.; Jiang, B. J. Phys. Chem. Lett. 2019, 10, 4962. [71] Zubatyuk, R.; Smith, J. S.; Leszczynski, J.; Isayev, O. Sci. Adv. 2019, 5, eaav6490. [72] Unke, O. T.; Meuwly, M. J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 3678. [73] Glick, Z.; Metcalf, D.; Koutsoukas, A.; Spronk, S.; Cheney, D.; Sherrill, D. J. Chem. Phys. 2020, 153, 044112. [74] Liu, M.; Kitchin, J. R. J. Phys. Chem. C 2020, 124, 17811. [75] Xie, X.; Persson, K. A.; Small, D. W. J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 4256. [76] Metcalf, D. P.; Jiang, A.; Spronk, S. A.; Cheney, D. L.; Sherrill, C. D. J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 115. [77] Ko, T. W.; Finkler, J. A.; Goedecker, S.; Behler, J. Nat. Commun. 2021, 12, 398. [78] Zubatiuk, T.; Isayev, O. Acc. Chem. Res. 2021, 54, 1575. [79] Symons, B. C. B.; Bane, M. K.; Popelier, P. L. A. J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7043. [80] Zhang, L.; Wang, H.; Muniz, M. C.; Panagiotopoulos, A. Z.; Car, R.; E, W. J. Chem. Phys. 2022, 156, 124107. [81] Jacobson, L. D.; Stevenson, J. M.; Ramezanghorbani, F.; Ghoreishi, D.; Leswing, K.; Harder, E. D.; Abel, R. J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 2354. [82] Batzner, S.; Musaelian, A.; Sun, L.; Geiger, M.; Mailoa, J. P.; Kornbluth, M.; Molinari, N.; Smidt, T. E.; Kozinsky, B. Nat. Commun. 2022, 13, 2453. [83] Mou, T.; Pillai, H. S.; Wang, S.; Wan, M.; Han, X.; Schweitzer, N. M.; Che, F.; Xin, H. Nat. Catal. 2023, 6, 122. [84] Gupta, U.; Vlachos, D. G. J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 3431. [85] Rangarajan, S.; Bhan, A.; Daoutidis, P. Comput. Chem. Eng. 2012, 45, 114. [86] Margraf, J. T.; Reuter, K. ACS Omega 2019, 4, 3370. [87] Susnow, R. G.; Dean, A. M.; Green, W. H.; Peczak, P.; Broadbelt, L. J. J. Phys. Chem. 1997, 101, 3731. [88] Gao, C. W.; Allen, J. W.; Green, W. H.; West, R. H. Comput. Phys. Commun. 2016, 203, 212. [89] Goldsmith, C. F.; West, R. H. J. Phys. Chem. C 2017, 121, 9970. [90] Zhang, X.-J.; Liu, Z.-P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2015, 17, 2757. [91] Kang, P.-L.; Shang, C.; Liu, Z.-P. J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 20525. [92] Shi, Y.-F.; Kang, P.-L.; Shang, C.; Liu, Z.-P. J. Am. Chem. Soc. 2022, 144, 13401. [93] Del Cueto M.; Zhou, X.; Zhou, L.; Zhang, Y.; Jiang, B.; Guo, H. J. Phys. Chem. C 2020, 124, 5174. [94] Lee, E. M. Y.; Ludwig, T.; Yu, B.; Singh, A. R.; Gygi, F.; Nørskov, J. K.; De Pablo, J. J. J. Phys. Chem. Lett. 2021, 12, 2954. [95] Calegari Andrade, M. F.; Ko, H.-Y.; Zhang, L.; Car, R.; Selloni, A. Chem. Sci. 2020, 11, 2335. [96] Hu, C.; Zhang, Y.; Jiang, B. J. Phys. Chem. C 2020, 124, 23190. [97] Rice, P. S.; Liu, Z.-P.; Hu, P. J Phys. Chem. Lett. 2021, 12, 10637. [98] 宗宇杨, 李俊辉, 朱向东, 单光存, 马汝广. 上海大学学报(自然科学版), 2023, 29, 859. [99] Zhong, M.; Tran, K.; Min, Y.; Wang, C.; Wang, Z.; Dinh, C.-T.; De Luna, P.; Yu, Z.; Rasouli, A. S.; Brodersen, P.; et al. Nature 2020, 581, 178. [100] Tran, K.; Ulissi, Z. W. Nat. Catal. 2018, 1, 696. [101] Li, Z.; Achenie, L. E. K.; Xin, H. ACS Catal. 2020, 10, 4377. [102] Andersen, M.; Levchenko, S. V.; Scheffler, M.; Reuter, K. ACS Catal. 2019, 9, 2752. [103] Bartel, C. J.; Sutton, C.; Goldsmith, B. R.; Ouyang, R.; Musgrave, C. B.; Ghiringhelli, L. M.; Scheffler, M. Sci. Adv. 2019, 5, eaav0693. [104] Xu, W.; Andersen, M.; Reuter, K. ACS Catal. 2021, 11, 734. [105] Jiang, C.; Song, H.; Sun, G.; Chang, X.; Zhen, S.; Wu, S.; Zhao, Z.-J.; Gong, J. Angew. Chem. Int. Ed. 2022, 61, e202206758. [106] Zhai, S.; Xie, H.; Cui, P.; Guan, D.; Wang, J.; Zhao, S.; Chen, B.; Song, Y.; Shao, Z.; Ni, M. Nat. Energy 2022, 7, 866. [107] Esterhuizen, J. A.; Goldsmith, B. R.; Linic, S. Chem. Catal. 2021, 1, 923. [108] Qu, X.; Huang, Y.; Lu, H.; Qiu, T.; Guo, D.; Agback, T.; Orekhov, V.; Chen, Z. Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59, 10297. [109] Hansen, D. F. J. Biomol. NMR 2019, 73, 577. [110] Luo, J.; Zeng, Q.; Wu, K.; Lin, Y. J. Magn. Reson. 2020, 317, 106772. [111] Li, D.-W.; Hansen, A. L.; Yuan, C.; Bruschweiler-Li, L.; Brüschweiler, R. Nat. Commun. 2021, 12, 5229. [112] Karunanithy, G.; Mackenzie, H. W.; Hansen, D. F. J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 16935. [113] Wu, K.; Luo, J.; Zeng, Q.; Dong, X.; Chen, J.; Zhan, C.; Chen, Z.; Lin, Y. Anal. Chem. 2021, 93, 1377. [114] Zheng, X.; Yang, Z.; Yang, C.; Shi, X.; Luo, Y.; Luo, J.; Zeng, Q.; Lin, Y.; Chen, Z. J. Phys. Chem. Lett. 2022, 13, 2101. [115] Yang, Z.; Zheng, X.; Gao, X.; Zeng, Q.; Yang, C.; Luo, J.; Zhan, C.; Lin, Y. J. Phys. Chem. Lett. 2023, 14, 3397. [116] Wilkins, C. L.; Isenhour, T. L. Anal. Chem. 1975, 47, 1849. [117] Wilkins, C. L.; Brunner, T. R. Anal. Chem. 1977, 49, 2136. [118] Fine, J. A.; Rajasekar, A. A.; Jethava, K. P.; Chopra, G. Chem. Sci. 2020, 11, 4618. [119] Specht, T.; Münnemann, K.; Hasse, H.; Jirasek, F. J. Chem. Inf. Model 2021, 61, 143. [120] Huang, Z.; Chen, M. S.; Woroch, C. P.; Markland, T. E.; Kanan, M. W. Chem. Sci. 2021, 12, 15329. [121] Masoum, S.; Malabat, C.; Jalali-Heravi, M.; Guillou, C.; Rezzi, S.; Rutledge, D. N. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 387, 1499. [122] Du, Y.-Y.; Bai, G.-Y.; Zhang, X.; Liu, M.-L. Chin. J. Chem. 2007, 25, 930. [123] Dragone, V.; Sans, V.; Henson, A. B.; Granda, J. M.; Cronin, L. Nat. Commun. 2017, 8, 15733. [124] Schweidtmann, A. M.; Clayton, A. D.; Holmes, N.; Bradford, E.; Bourne, R. A.; Lapkin, A. A. Chem. Eng. J. 2018, 352, 277. [125] Bédard, A.-C.; Adamo, A.; Aroh, K. C.; Russell, M. G.; Bedermann, A. A.; Torosian, J.; Yue, B.; Jensen, K. F.; Jamison, T. F. Science 2018, 361, 1220. [126] Granda, J. M.; Donina, L.; Dragone, V.; Long, D.-L.; Cronin, L. Nature 2018, 559, 377. [127] Burger, B.; Maffettone, P. M.; Gusev, V. V.; Aitchison, C. M.; Bai, Y.; Wang, X.; Li, X.; Alston, B. M.; Li, B.; Clowes, R.; et al. Nature 2020, 583, 237. [128] Zhu, Q.; Zhang, F.; Huang, Y.; Xiao, H.; Zhao, L.; Zhang, X.; Song, T.; Tang, X.; Li, X.; He, G.; et al. Natl. Sci. Rev. 2022, 9 (10), nwac190. [129] Ha, T.; Lee, D.; Kwon, Y.; Park, M. S.; Lee, S.; Jang, J.; Choi, B.; Jeon, H.; Kim, J.; Choi, H.; et al. Sci. Adv. 2023, 9, eadj0461. [130] Geiger, P.; Dellago, C. J. Chem. Phys. 2013, 139, 164105. [131] Reinhart, W. F.; Long, A. W.; Howard, M. P.; Ferguson, A. L.; Panagiotopoulos, A. Z. Soft Matter. 2017, 13, 4733. [132] Dietz, C.; Kretz, T.; Thoma, M. H. Phys. Rev. E 2017, 96, 011301. [133] Schmidt, J.; Pettersson, L.; Verdozzi, C.; Botti, S.; Marques, M. A. L. Sci. Adv. 2021, 7, eabi7948. [134] Leitherer, A.; Ziletti, A.; Ghiringhelli, L. M. Nat. Commun. 2021, 12, 6234. [135] Banik, S.; Dhabal, D.; Chan, H.; Manna, S.; Cherukara, M.; Molinero, V.; Sankaranarayanan, S. K. R. S. npj Comput. Mater. 2023, 9, 23. [136] Chen, Z.; Yam, V. W.-W. J. Phys. Chem. Lett. 2023, 14, 1955. [137] Ye, S.; Zhong, K.; Zhang, J.; Hu, W.; Hirst, J. D.; Zhang, G.; Mukamel, S.; Jiang, J. J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 19071. [138] Zhao, Z.; Ma, D.; Chen, L.; Sun, L.; Li, Z.; Xu, H.; Zhu, Z.; Zhu, S.; Fan, S.; Shen, G.; et al. CoRR 2024, arXiv:2401.14818. [2024-08-02]. https://doi.org/10.48550/arXiv.2401.14818 [139] Hauser, A. W. Nat. Comput. Sci. 2024, 4, 163. [140] Keith, J. A.; Vassilev-Galindo, V.; Cheng, B.; Chmiela, S.; Gastegger, M.; Müller, K.-R.; Tkatchenko, A. Chem. Rev. 2021, 121, 9816. |